La pole position des deux courses en Indonésie revient à Jorge Martín. Le pilote Pramac Ducati en a profité pour atomiser le meilleur temps du circuit de Mandalika. 

Le leader du Championnat du Monde des pilotes est accompagné de Marco Bezzecchi, qui a chuté dans les dernières minutes de la séance avant de signer son temps sous le drapeau à damier, et de Pedro Acosta sur la première ligne. La deuxième ligne est composée de Francesco Bagnaia, Enea Bastianini et Fabio Quartararo, qui a été contraint de rentrer en poussant la Yamaha à la fin de la séance. Johann Zarco, qui s'est sorti de la Q1, Fabio di Giannantonio et Franco Morbidelli occupent la troisième ligne, tandis qu'on retrouve sur la suivante Maverick Viñales, Raúl Fernández, venu de la Q1, et Marc Márquez, qui a chuté à deux reprises lors des qualifications.

Premier éliminé de la Q1, Aleix Espargaró, qui a chuté dans le premier virage, part de la cinquième ligne avec Alex Márquez, qui a également chuté dans les derniers instants de la Q1, et Alex Rins. La ligne suivante est composée de Jack Miller, Luca Marini et Takaaki Nakagami. Brad Binder, qui a connu un problème technique lors de son second run, Joan Mir et Augusto Fernández se partagent la dernière ligne.

Miguel Oliveira a été contraint de déclarer forfait après la première séance des essais libres suite à une chute. Le pilote portugais s'est fracturé le poignet droit.

La grille de départ du GP d'Indonésie 2024