Pour la première fois de sa carrière, Pedro Acosta, qui est officiellement le meilleur rookie de la saison 2025, signe la pole position sur le circuit de Motegi, au Japon.
Le jeune pilote Tech3 GASGAS va partager la première ligne avec Francesco Bagnaia, qui a été en difficulté dans les premières minutes de la Q2 et qui est tombé en panne à la fin de la séance, et Maverick Viñales. La deuxième ligne est composée d'Enea Bastianini, Brad Binder et Franco Morbidelli, qui a signé le meilleur temps de la Q1. Fabio di Giannantonio, Marco Bezzecchi et Marc Márquez, dont le meilleur temps a été annulé après être passé en dehors des limites de la piste, se partagent la troisième ligne. Alex Márquez, Jorge Martín, qui a chuté dans les dernières minutes, et Fabio Quartararo, autre pilote issu de la Q1, sont sur la quatrième ligne.
Premier éliminé de la Q1, Raúl Fernández partage la cinquième ligne avec Jack Miller et Aleix Espargaró. La ligne suivante est composée de Johann Zarco, Joan Mir et Augusto Fernández. Alex Rins, Luca Marini et Takaaki Nakagami, qui dispute sa dernière course à domicile, sont sur la ligne suivante, tandis que Lorenzo Savadori, qui remplace Miguel Oliveira, et Remy Gardner sont sur la dernière ligne de la grille du circuit de Motegi.
La grille de départ du GP du Japon 2024