La pole position a été signée par le pilote Gresini Ducati Alex Márquez. Le pilote espagnol signe sa première pole position depuis le Grand Prix de Catalogne l'an passé. 

La première ligne est complétée par Marc Márquez et Pedro Acosta. La ligne suivante est composée d'Ai Ogura, de Marco Bezzecchi et de Fabio Di Giannantonio. Sur la troisième ligne, on retrouve Enea Bastianini, Johann Zarco, qui a fait un passage par la Q1, et Franco Morbidelli. Francesco Bagnaia, meilleur temps de la Q1, Joan Mir, qui fait son retour suite à ses problèmes de santé, et Maverick Viñales partent depuis la quatrième ligne.

Le premier éliminé de la Q1 est Luca Marini. Il partage la cinquième ligne avec Diogo Moreira et Brad Binder. Jack Miller, Alex Rins et Fabio Quartararo sont sur la ligne suivante. La dernière ligne est composée des pilotes remplaçants Iker Lecuona, qui a pris la place de Fermín Aldeguer, et Augusto Fernández, qui remplace Toprak Razgatlioglu.

Jorge Martín a déclaré forfait au milieu de la séance qualificative. Raúl Fernández a fait de même au début du week-end en Malaisie.

La grille de départ du GP de Malaisie 2026

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