La troisième étape du Dakar est une spéciale de 331 km et 467 km de liaison. Le leader du Dakar, Giniel de Villiers subit à son tour un contretemps.
Les concurrents sont partis de San Juan de Marcona pour se rendre à Arequipa et traversent les dunes d'Acari.
Giniel de Villiers, en panne
Après les déboires de Carlos Sainz qui a arraché une roue avant gauche au kilomètre 38, le pilote espagnol fait déjà son deuil de la victoire. Alors qu'un prétendant à la victoire semble déjà éliminé, chez Toyota on avait espoir en Giniel de Villiers, leader du Dakar après la seconde étape.
Mais au kilomètre 172, le pilote sud-africain doit mettre pied à terre, son pick-up semble trahit par un panne mécanique. Il est immobilisé sans dommage apparent mais avec de l'huile bien visible sous le véhicule. Désormais Giniel de Villiers compte près de 50 minutes de retard, la victoire s'éloigne également pour le lauréat 2009 de l'épreuve.